Ранняя история
Человечество издавна знало о варпе и сосуществовало с ним. Были одаренные индивидуумы, способные общаться с варпом и использовать его для различных целей — лекари в племенах, шаманы, предсказатели и другие духовные лидеры раннего человечества. Духи этих людей могли даже проносится через варп после смерти и возрождаться в новых человеческих телах.
Однако, с приобретением человечеством знаний, их тайные желания власти и удовольствий росли, и началось разложение. Тем более обширные варп штормы консервировали целые системы от Империи людей, многие ксеносы воспользовались ослаблением Империи и стали нападать на миры, люди не могли этому противостоять их раздирали межрелигиозные и гражданские войны (поэтому Император запретит религию под смертной казнью и при помощи техножрецов Марса, дал людям технологию). Духовные лидеры заметили начавшиеся изменения когда их психические дары стали ослабевать и реинкарнация в новых телах становилась труднее. Они созвали великий совет, на котором было постановлено, что никто из них не сможет решить проблему в одиночку — но возможно вместе у них получится. Они решили, что отдадут свои жизни чтобы возродиться в качестве бога невообразимой силы.
Спустя почти год после этого совета и последовавших за ним самоубийств, родилось дитя — мальчик, которому суждено было стать Бессмертным Богом-Императором Человечества. Его настоящее имя неизвестно, но в каноне Warhammer 40,000 есть отсылки к тому, что он был рожден в 8 тысячелетии до нашей эры в центральной Анатолии.
Спустя много лет, с тем как опыт и мудрость Императора росли, он интуитивно осознал духовное разложение, вызванное человеческим поведением и поставил себе цель исправить это. Он всегда оставался в тени, контролируя и направляя самые значительные изменения в истории Человечества и защищая вид в целом. Он носил разные имена в разные периоды человеческой истории, иногда принимая роль человека, который становился великим историческим деятелем, направлявшим Человечество на истинный путь. В другие времена он оставался неузнанным, продолжая вести людей по пути просвещения и всеобщего счастья, насколько это было в его силах.
Первое упоминание об Императоре в Имперских хрониках встречается когда он объединяет Святую Терру после Эры Борьбы (где то в 29 тысячелетии). Использование Императором генетически измененых солдат — протоастартес, прототипов будущих Космодесантников — позволило ему объединить людей Земли и обратить взгляд к далеким звездам. С помощью Адептус Механикус на Марсе, Император вооружил своих Космических Десантников и флотилии межзвездных кораблей, чтобы те несли его армии к дальним окраинам галактики и расширяли Империум Человечества.
Император создал сверхлюдей-примархов из своих собственных генетических образцов, и по их шаблонам впоследствии были созданы Легионы Космодесант. Но Хаос похитил примархов, и они были рассеяны по населенным людьми мирам - по всему Империуму - из лаборатории под Гималайскими Горами, где Император создал их.
Великий Крестовый Поход
Император разработал план спасения человечества: объединить разрозненные планеты людей, рассеянные по галактике и изолированные друг от друга в Эру Борьбы. В первые годы Великого Крестового Похода, Император был на переднем рубеже битв, ведя своих генетически усиленных солдат в битву. С повторным открытием миров и включением их в Империум, Император нашел потерянных примархов, чьи генетические образцы были использованы для стабилизации процесса создания космодесантников.
После Триумфа на Улланоре, Император вернулся в подземные лаборатории на Земле, чтобы продолжить работу над секретными проектами, включая составление карты Паутины, вход в которую он нашел в своём дворце в Тибете. Он оставил своих верных 'сыновей', примархов, продолжать Крестовый Поход, даровав лучшему из них, Хорусу, титул Воителя (англ. Warmaster). Он намеренно не объяснил никому, даже Хорусу, чем он собирается заняться после возвращения на Терру; это посеяло первые семена непонимания, которые позднее привели к Ереси Хоруса.
Ересь Хоруса
Великий Крестовый Поход закончился с событиями Ереси Хоруса, когда Хорус восстал против Императора. Под началом Хоруса, девять Легионов Космодесанта и множество полков Имперской Гвардии повернулись к служению Хаосу и развязали галактическую гражданскую войну
Даже когда армии Хоруса осаждали Терру, Император все еще верил что Хорус может искупить свою вину, и он сохранял веру в это, когда встретился с Хорусом один на один на борту его боевой баржи. Из-за нежелания использовать свою полную силу против собственного сына, Император получил ужасающие ранения от руки Хоруса. Когда Хорус стоял над искалеченным телом Императора, в рубку вошел Кустодианец. Хорус разорвал его на части одним ударом. Смерть Кустодес отрезвила Императора. Он увидел, насколько низко пал Хорус и что есть только один путь покончить с Хаосом — убить его пешку, его любимого сына. Император призвал психическое копье невообразимой силы и пустил его в Хоруса. Когда боги Хаоса оставили свою умирающую марионетку, Император почувствовал как к Хорусу вернулся разум. Он знал, что Хаос постарается вновь заполучить Хоруса, и его может не оказаться рядом чтобы это предотвратить. Изгнав все сострадание из своего разума, Император воззвал к своим внутренним резервам и уничтожил Воителя.
Настоящее время
Искалеченное тело Императора было найдено Рогалом Дорном, который, следуя указаниям Императора, проконтролировал подключение Императора к Золотому Трону, техническому устройству для поддержания его духа. Император с того дня остается заключенным в Золотой Трон, не являясь ни полностью живым, ни мертвым. Изначально задуманный Императором как центральный узел проекта по колонизации Паутины, Золотой Трон также может функционировать как гигантское устройство поддержания жизнедеятельности. Сам Золотой Трон находится в Санктум Империалис, охраняемом Кустодианской Стражей Императора, также известными как Адептус Кустодес. Физическое тело Императора сохраняется и его жизненные функции поддерживаются причудливой машинерией Трона.
Золотой Трон также подключен к сильнейшему психическому варп-маяку, известному как Астрономикон, который генерирует сигналы, делающие возможным сверхсветовые путешествия в Империуме, так как служит психическим маяком, на который могут ориентироваться навигаторы и астропаты. Сам Император управляет сигналом, получившим название Луч надежды и Золотой путь, но основную часть его мощности обеспечивает хор десяти тысяч людей-псайкеров. Жизненная сила таких псайкеров иссякает в считанные месяцы, что означает необходимость постоянного поиска замен, и их доставки на Терру на борту знаменитых Черных Кораблей Инквизиции.
Согласно последней редакции правил настольной игры, в 986.999.М41 по имперскому исчислению Адептус Механикус обнаружили неполадки в работе Золотого Трона, исправить которые они не смогли.